Я думаю, что в данном случае настройки симулятора важны т.к. работа макроса Time U/D принципиально зависит от времени цикла программы. В железе все должно быть ОК.
Только лучше использовать более простое решение для индикации оставшегося времени. Например счетчик CTN с обратным отсчетом, секундным импульсом на счет и с той же уставкой, что и таймер, но в секундах. Вот кусок моего проекта, где я использую этот принцип.
2018-08-29_13-42-44.png