выставленная вами опция (отображать поток вызовов) нужна для отладки. напротив сработавших столбцов загорается зеленый квадрат, соответственно визуально заметно, по какому пути пошла программа.
красные квадраты, которые вы описали- точки останова. нужны опять же для пошаговой отладки программы. вы их выставили и используете при отладке. при каждом нажатии F5 программа идет до следующей точки останова