Я по началу не совсем понял о чем речь.
Если просто подключить ПЧ, для управления моторами, то проблем ни каких нет. Так обычно все и делают.
Задание в ручную или по сети, а пуск стоп с 1-го выхода ТРМ.
Время разгона и торможения в ПЧ задавайте. Всю защиту обрабатывает ТРМ.
Выведите только на него сигналы к дискретным входам.