Вариант, но требующий не очень оправданных усилий по разработке. Там же linux - что бы не запихнуть какой-нибудь простенький FTP? Если, конечно, возможности контроллера это позволяют.

Тут в общем подход, на мой взгяд, должен быть примерно такой: хотите ещё что-то от Linux'а - пожалуйста, ставьте (в идеале с 3-5 строчечной инструкцией: примерно так-то и так-то), но будьте готовы пожертвовать чем-то (скоростью? доступной памятью?) в CodeSys.