Работа сервиса OwenCloud со сторонними приложениями поддержана через API.
Документация на API, в том числе примеры запросов/ответов можно посмотреть тут: api.owencloud.ru
Обратите внимание, что тема посвящена готовому приложению OwenCloud для Android.
Вопросы, связанные с API обсуждаются в отдельной теме: http://www.owen.ru/forum/showthread.php?t=28578