не меняются потому, что у Вас выходы автонастройки напрямую поданы на значения коэффициентов. после завершения автонастройки расчитываются коэффициенты, и должны быть однократно поданы в переменные К , I , D.
перменные подаются на вход блока АПИД. т.к. у него эти коэффициенты объявлены как In_Out он сможет их менять. а в вашем случае он может и меняет их , но прямая передача значения с выхода автонастройки перезаписывает расчитанные ей значения обратно в АПИД